清塘的目的是为消除养殖隐患，是健康养殖的基础工作，对种苗的成活率和生长健康起着关键性的作用。
            清塘必须把好三关
       第一关，消毒灭菌除杂(杀死病原菌及杂鱼杂虾杂蟹等)：进水充满池底后，选用底居安、漂白粉、生石灰、二氧化氯、茶麸等其中一种进行消毒(如PH偏高，可用漂白粉消毒；PH值偏低，则用生石灰消毒)，如有杂鱼杂虾杂蟹可用茶麸进行除杂；1~2天后排掉池水。
       第二关，降解毒性：降解消毒药品的残毒以及重金属、亚硝酸盐、硫化氢、氨氮、甲烷和其它有害物质的毒性，可在消毒除杂的五天后泼洒绿水灵或池塘解毒宝；
       第三关，生物净化：解毒3～5小时后，即可采用有益微生物制剂如高活性黑宝、救底丹、芽孢杆菌任意选其中两种复配浸泡后全池泼洒，分解消毒杀死的各种生物尸体，避免二次污染，消除病原隐患。
       如果不用有益微生物对消毒杀死的生物尸体进行彻底的分解，清塘就不彻底，具抗体的病原微生物待消毒药效过期后就会复活，并利用残留的生物尸体作培养基大量繁殖。中前期，恰好是对虾蜕壳最频繁的时期，蜕壳时的对虾活力弱，免疫力低下，抗病能力差，病原微生物极易侵入虾体，容易引发病害。所以培植有益微生物种群，不仅能抑制病原微生物的生长繁殖，消除健康养虾隐患，还可将塘底有机物和生物尸体通过生物降解转化成藻类所需的营养盐类，为肥水培藻奠定良好的基础。